El Colegio Jesus' Heart inicia sus actividades en 1992, a partir del Jardín Infantil del mismo nombre funcionando inicialmente en una casa del sector de Reñaca, Viña del Mar. Se inicia como un colegio de mujeres y a los dos años de funcionamiento se incorporan los hombres creándose un sistema coeducacional.
En 1997, se traslada a su actual ubicación en el sector Los Pinos de Reñaca. Desde sus inicios contó con el apoyo de un sacerdote del movimiento apostólico de Schoenstatt.
En el mes de agosto de 1998 los dueños resuelven vender el colegio, siendo el movimiento apostólico de Schoenstatt un potencial comprador. El día 10 de septiembre de ese año la Corporación Agua Santa, vinculada al movimiento de Schoenstatt de Viña del Mar, firma un contrato de opción de compra del colegio, que en ese entonces contaba con 250 alumnos aproximadamente. A partir de esta fecha los padres de Schoenstatt asumen el apoyo espiritual concreto a la organización a través del nombramiento de un capellán. El 15 de agosto del año 1999, la comunidad escolar busca consolidar un nuevo rumbo en la institución, basado específicamente en los principios pedagógicos del padre José Kentenich y por ello corona a la Virgen María como Madre, Reina y Educadora del Colegio, consagrando y comprometiéndose con María en el cuidado, protección y desarrollo de la comunidad.
El año 2000 se concreta la venta del colegio a la corporación Agua Santa, corporación sin fines de lucro que busca la divulgación y promoción del pensamiento del padre José Kentenich, fundador del Movimiento Apostólico de Schoenstatt.
En el mes de Agosto del año 2001 toma el nombre de Colegio Sagrada Familia, nombre que reflejaba el ideal que inspiraba este proyecto educativo desde sus inicios.